《表1 原配体与靶蛋白残基相互作用情况》

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《鱼腥草中抗血栓活性生物碱成分的虚拟筛选》

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注:残基右上角的数字表示化学键的数目。

通过Therapeutic Target Database数据库（http://bidd.nus.edu.sg/group/cjttd/TTD＿HOME.asp）以及相关文献收集血栓栓塞性疾病相关的靶蛋白，选取10个与抗血栓作用密切相关且具有明确人源蛋白晶体结构和明确活性位点的受体作为靶蛋白，分别为P2Y1，P2Y12，凝血因子FⅦa，凝血因子FⅨa，凝血因子FⅩa，凝血因子FⅪa，凝血因子FⅫa，PAR1，PDE5，凝血酶，分别从RCSB PDB数据库（https://www.rcsb.org/）下载这些靶蛋白对应的蛋白晶体结构，PDB编号及原配体与靶蛋白残基相互作用情况见表1。蛋白晶体前处理及结合口袋的定义:删除水分子、金属离子、原配体分子及其非相关的蛋白质构象，经QuickPrep工具进行优化处理，定义蛋白为受体，通过MOE中的SiteView功能快速寻找结合口袋，最后保存备用。