《表1 通过试验验证植物mi R394靶基因》

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《植物miR394生物学功能研究进展》

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根据植物中mi RNA与靶基因几乎完全互补配对的特性，Matthew和Bartel （2004）通过生物信息学预测了拟南芥中mi R394的靶基因，并利用RLM-RACE验证其靶基因为At1g27340 （SKP1-Cullin/CDC53-F-box），属于F-box家族，后被命名为LCR（leaf curing responsiveness）。由于在不同植物中发现mi R394越来越多，利用实验方法鉴定靶基因的工作非常艰巨和缓慢，因此目前主要是通过生物信息学的方法寻找mi R394的靶基因，只有拟南芥、水稻、油菜和大豆等部分植物中的mi R394靶基因得到实验验证（表1）。已有研究表明F-box是mi R394家族最主要的靶基因。Kumar等（2019）利用生物信息学对40种植物的mi R394靶基因进行了预测分析，发现43个靶基因中有32个属于F-box基因家族，其它预测的靶基因包括GDSL、FAD2和GDSL等，而经过实验验证的靶基因也大多属于F-box基因家族，仅Chand等（2016）利用RLM-RACE技术发现大蒜中mi R394有2个靶基因，一个编码F-box，另一个编码CYP450。这些结果说明在一些植物中mi R394的靶基因除了F-box家族基因，可能还有其它基因，这需要更多的实验去验证。此外，mi R394和其它一些mi RNA一样，具有调控模式的多样性，即一个mi R394可以调控多个靶基因，多个同源mi R394也可以同时调控一个靶基因，表现出“一对多”与“多对一”的调控模式，如拟南芥中miR394a和mi R394b均与靶基因LCR作用，在大蒜中mi R394可调控F-box和CYP450两个靶基因。