《表2 不同性能在3种全基因组数据分析工具间的比较》

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《全基因组数据分析工具TB Profiler v2.8.0、Mykrobe v0.7.0和PhyResSE v1.0在耐药结核病检测中的价值》

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TB Profiler、Mykrobe和PhyResSE操作简单，给出的耐药检测结果简单易懂，并且给出了菌株家系信息（表2）。在处理时间方面，一个100倍测序深度的样本（约450兆）使用网页版TB Profiler和PhyResSE从上传完成到得到耐药结果需要约90min，而使用软件版Mykrobe则速度较快，只需要约30min。在批量操作方面，PhyResSE网页版提供批量上传，TB Profiler和Mykrobe只能在命令行版本批量分析数据。此外，TB Profiler和Mykrobe可以根据用户个性化需求修改使用的突变数据库，从而纳入新发现的耐药突变，不断提高检测的准确性。TB Profiler在命令行版本中通过编辑源代码来修改突变数据库，Mykrobe在命令行版本中通过使用Python代码生成器进行调整。