《表1 Col和Ler之间INDEL数量的鉴定》

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《拟南芥全基因组精细插入及缺失分子标记》

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注：a为Col基因组（Gene Bank号：GCF＿000001735.4)；b为Ler基因组（Gene Bank号：GCA＿001651475.1）。

为了开发Col和Ler全基因组的INDEL标记，我们先使用MUMmer3软件将Col的基因组和Ler的基因组进行比对，找出含有INDEL的保守序列片段，再使用Primer3软件进行引物设计，通过MFEprimer2软件对引物进行验证。表1为各个染色体上的INDEL及分子标记的统计。从表1可知，基因组中平均每0.1 Mbp染色体长度大约有2个分子标记，平均每4到5个基因就有1个分子标记。图1展示的是全基因组的INDEL（≥6 bp）及分子标记的长度分布。我们可以看到，随着分子标记差异长度的增加，INDEL及分子标记的数量呈递减趋势。