《表1 日本晴(水稻)测序数据比对》

  提示：宽带有限、当前游客访问压缩模式

本系列图表出处文件名：随高清版一同展现

《紫苏SNP分子标记开发及遗传多样性分析》

1. 获取 高清版本忘记账户？点击这里登录

1. 下载图表忘记账户？点击这里登录

本研究利用SLAF-predict软件对紫苏参考基因组进行了电子酶切预测，根据酶切片段在紫苏基因组上是否均匀分布、酶切片段大小是否与实验体系相吻合等原则（Davey et al.，2013），确定了紫苏限制性内切酶切组合为RsaⅠ+HaeⅢ。酶切效率是评价SLAF实验是否成功的一个关键指标，本研究显示RsaⅠ+HaeⅢ双酶切的效率为90.01%，残留酶切位点的比例为9.99%，表明酶切反应正常。本研究将酶切片段大小在365～415 bp之间的序列认定为SLAF标签，预估获得143 121个SLAF标签。为了评估SLAF实验过程是否正常和酶切方案实施的有效性，本研究利用SOAP （Li et al.，2009b）软件对‘日本晴’（水稻）测序数据和水稻基因组数据进行了比对，研究结果表明本实验单端的比对效率为0.56%，双端的比对效率为96.22%，未比对的效率为3.22%，结果显示本研究SLAF建库基本正常（表1）。