《表1 鬼针草转录组序列中的SSR统计》

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《基于转录组测序的鬼针草SSR标记开发及其应用》

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对测序得到的120 122条Unigene（序列总长约106 457 436 bp）进行单核苷酸至六核苷酸重复的SSR位点搜索，共搜索到17 140个，分别位于14 474条序列中（表1）。SSR的分布频率达到12.04%，平均每6.21 kb出现1个SSR位点，其中复合型SSR有867个。在这些SSR位点中，单核苷酸、三核苷酸和二核苷酸重复出现频率占优势，分别占总SSR的38.73%、38.06%和20.73%；而四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸的重复类型和数量均较少，总占有率还不到3%（分别是2.28%，0.12%和0.09%）。其中以单核苷酸出现频率最多（表2），并且在单核苷酸中出现频率最高的核苷酸类型是A/T，约占单核苷酸重复类型的90.37%；其次为三核苷酸，在三核苷酸中，出现频率最高的是AAT/ATT，占三核苷酸重复类型的20%；频率稍低的依次是AGC/CTG、ACC/GGT、AAG/CTT和，分别占三核苷酸重复类型的13.09%，11.91%和11.74%；ACT/AGT类型的数量最少，仅约占1.52%（图1）。在二核苷酸重复类型中AG/CT出现频率最高，占其重复类型SSRs比例为41.18%，五核苷酸和六核苷酸重复基元出现频率较低，每种类型仅出现了1次。基于鬼针草转录组测序拼接得到的SSR位点中共有82种不同基序类型，其中二核甘酸重复类型有4种，三核苷酸有10种，四核苷酸30种。本研究对重复次数的结果进行统计发现，单核苷酸的重复次数重复10次最高（表2）；二核苷酸中，重复次数最高的为6次，其次是7次，长度范围在12~14 bp之间；三核苷酸中，重复次数以5次为最高，其次是6次，其长度范围集中在15~18 bp；而四、五、六核苷酸基元则均以重复5次为最高。对重复基元的总数进行统计，则是5次重复居于首位，达到了752次，其次是10次重复，也达到了3 797次。