《表3 初定位的多态性SSR引物序列》

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《水稻显性矮秆基因D55的精细定位》

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利用构建的近等基因系进行D55基因的初定位，首先通过SNP分析预测突变基因在染色体的大概位置。在lb4d与187R杂交产生的F2分离群体里选取矮杆性状植株和正常植株各25株，每株取新鲜叶片50 g做SNP定位分析，显示基因可能位于11号染色体的前端。参照NCBI上下载的通用水稻SSR标记，选取靠近预测位点附近的26对引物进行筛选（图2），筛选出在lb4d与187R这两亲本间具有多态性的引物10对。使用平均分布在筛选长度上的其中4对引物对270株初定位群体进行连锁分析，其中矮秆性状的植株66株，正常株高性状的植株204株，分析结果确定基因在11号染色体前端，并将目标区域定位在RM5704跟RM202之间3.53 c M的距离（表3）。