《表3 基于大豆NAM群体的五种QTL定位方法特点归纳比较》

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《限制性两阶段多位点全基因组关联分析法在遗传育种中的应用》

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如前所述，尽管NAM群体通过一个共同亲本将多个RIL群体联系起来，提高了群体的遗传变异程度，然而以往分析方法却没将NAM群体作为一个统一完整群体。RTM-GWAS可通过构建SNPLDB标记对NAM群体进行统一分析。LI等[23]基于一个包含4个大豆RIL群体的NAM群体，比较了基于SNP标记的JICIM[6]和MLM方法，以及基于SNPLDB的RTM-GWAS方法（表3）。结果显示，3种方法分别检测到9、7和139个大豆开花期QTL，表型变异解释率分别是74.0%、40.6%和81.7%。该NAM群体有5个亲本，理论上位点上最多存在5个等位基因。而JICIM方法每个位点等位基因数目均为8，MLM方法每个位点等位基因数目均为2，显然不符合实际情况。RTM-GWAS方法每个位点等位基因数目最少2个，最多5个，合理地拟合了群体内的等位基因变异，更适用于NAM群体。