《表3 Cpc R同源序列分布情况》

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《苏云金芽胞杆菌LM1212菌株和突变株的全基因组序列比较分析》

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在LM1212菌株中，cpcR在pLM248质粒上为3个拷贝。在LM1212-DB菌株中，cpcR在pLM241质粒上为4个拷贝。拷贝数增加意味着CpcR的表达量增加，从而导致LM1212-DB菌株增加晶体细胞比例的效果更为明显，这暗示CpcR很可能是导致LM1212-DB菌株和LM1212菌株表型差异的重要影响因素之一。为了进一步探究cpcR是否是导致这种表型差异的特异性基因，以CpcR的氨基酸序列为参考序列，在NCBI数据库中进行序列比对，以氨基酸序列相似性大于50%为标准，共检索到88个同源基因，这些同源基因分属于10个物种，且均被注释为细菌双组分信号系统中OmpR家族转录因子，均含有信号接收结构域和DNA结合结构域。进一步分析发现，这10个物种大多属于厚壁菌门，其中多为蜡样芽胞杆菌族的细菌，如苏云金芽胞杆菌、蜡样芽胞杆菌（Bacillus cereus）、细胞毒素芽胞杆菌（Bacillus cytotoxicus）等；此外，类芽胞杆菌属的Paenibacillus contaminans、葡萄球菌属的Thermoflavimicrobium dichotomicum以及梭菌属的Clostridium cylindrosporum等细菌中也鉴定到cpcR的同源基因。但是，虽然cpcR的同源基因在苏云金芽胞杆菌的近缘物种（一些产胞细菌）中均有分布，但这并不意味着cpcR在产胞细菌中保守，相反，cpcR基因的分布与物种的相关性很差。这一结论可通过包含cpc R同源基因的菌株占该物种中已完成基因组测序的比例即可看出：10个物种中包含cpc R同源基因的菌株仅占88株，而这些菌株所在物种中完成基因组测序的菌株高达2 662株（表3），这说明cpc R不是芽胞杆菌属菌株的核心基因，其分布很可能与环境或生态位特异性有关。