《表2 基于全基因组测序数据的SSR位点挖掘》

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《四倍体马铃薯抗卷叶病毒的分子标记开发及性状关联分析》

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采用Mapping后的单倍体全基因数据，利用基于Perl语言的MISA软件进行SSR位点进行挖掘，结果发现在抗病群体60、65、140、185、189中挖掘到的SSR数目分别为17 550、20 693、20 068、18 648、19 919；在感病群体141、187、487、529、831中挖掘到的SSR数目分别为15 828、18 604、12 419、17 920、12 541。对抗病群体的5个单株进行组内过滤，筛选出542个共有SSR位点；对感病群体的5个单株进行组内比较，筛选出432个共有SSR位点。最后通过组间比较，筛选出277个特异性SSR位点，其中和抗病连锁的SSR位点有193个，感病连锁的SSR位点有84个（表2）。