《表1 通过分子对接药物库筛选的候选药物》

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《靶向木瓜样蛋白酶的抗SARS-CoV-2药物虚拟筛选》

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根据SARS-CoV-2 PLpro同源模建中的配体定义活性结合位点，该结合口袋由Asp165、Gly164、Leu163、Tyr274、Tyr265、Pro249、Pro248、Tyr269、Asn268和Gln270等氨基酸残基构成（图1(a）)。为了验证对接方法的可靠性，我们使用Surflexdock将配体分子重新对接回结合口袋，其活性构象与共结晶配体基本重叠，表明本研究所选择的对接方法可用于虚拟筛选研究。为了给临床应用提供线索，我们使用SYBYL软件的Surflex-dock高精度对接方法完成抗病毒药物数据集分子对接研究，然后根据候选药物的对接得分及其与配体分子的匹配度，筛选获得11种与PLpro具有潜在结合的候选药物，其中6种药物正处于临床研究阶段，5种药物已经上市（1种用于丙型肝炎(HCV）的治疗，4种用于艾滋病的治疗)。11种候选药物结构与对接得分如表1所示。