《表1 60个候选化合物对接、筛选结果及关联药材分析》

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《基于TCMSP数据库中药成分的新型冠状病毒3CL水解酶抑制剂虚拟筛选》

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以6LU7作为受体，原始配体与受体作用参数为依据，对TCMSP的13 143个化合物进行分子对接。以打分值（docking score）小于原配体分子（-7.734）为筛选条件，以OB≥30%或DL≥0.18作为进一步筛选条件，得到符合筛选标准的化合物60个（表1）。分析受体-配体对接结果显示，大部分化合物和受体结合以发生氢键作用为主。6LU7原配体分子为肽类化合物，其α，β-不饱和酯键与CYS145形成共价键，与GLU166形成3个氢键，与PHE140、THR190、GLN189、HID164及GLY143分别形成一个氢键。相较于原配体分子，60个候选化合物与受体的结合位点可按结构分为以下几类（图2）。（1）黄酮及黄酮苷类：黄酮及二氢黄酮类化合物的4位羰基氧和GLU166形成氢键，黄酮类化合物7位和4′位羟基分别和LEU141、SER144、CYS145、ASP187形成氢键；二氢黄酮类化合物7位和4′位羟基分别和LEU141、CYS145、ASP187形成氢键；黄酮醇类化合物的7位和4′位羟基分别和LEU141、ASP187形成氢键；黄酮苷类化合物的吡喃糖羟基主要和GLU166形成氢键，苷元的7位和4′位羟基分别和THR26、LEU141、ASP187形成氢键。（2）苯丙素及糖苷类：主要和CYS145、GLY143、SER144、ASN142形成氢键，苯丙素糖苷类化合物的吡喃糖羟基主要和GLU166形成氢键。（3）苯乙醇苷类：主要通过化合物苯环的酚羟基与THR190结合形成氢键，吡喃糖环羟基和GLU166、PHE140形成氢键。（4）单萜及单萜糖苷类：主要和THR190、PHE140形成氢键。（5）二苯乙烯类：主要通过苯环的酚羟基与THR190形成氢键，和HID41形成π-π堆积，吡喃糖羟基和GLU166形成氢键。（6）酚酸类：主要为苯环的酚羟基和GLU166、THR190、THR26和PRO168形成氢键。（7）蒽酮类：主要是9位羰基氧和GLU166形成氢键，6位羟基和LEU144形成氢键，苯环与HID41形成π-π堆积。