《表1 结合能排名前30活性成分对接结果》

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《基于文献挖掘与分子对接技术的抗新型冠状病毒中药活性成分筛选》

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以中药候选活性成分作为配体，以SARS-CoV-23CL水解酶蛋白为受体，根据靶蛋白复合物中配体的坐标以及靶蛋白活性口袋进行设置，采用Auto Dock Vina 1.1.2进行分子对接。配体设置为柔性，受体刚性。活性中心Gridbox位置设置为center＿x=-26.284，center＿y=-12.603，center＿z=58.96；大小设置为size＿x=44，size＿y=50，size＿z=44；spaces=1，搜寻精度（exhaustiveness）设为32，其他参数默认，生成一个格点文件。采用AutoDock Vina进行分子对接。选取打分最高（affinity数值最低）的构象作为对接构象，利用pymol和ligplus程序对对接构象进行可视化分析。每种活性成分对接结果几种结合构象中，选取结合能较低且构象较好的结果作为分子对接结果。结合能越小说明受体配体之间亲和力越大，对接得到结合能<-33.44 k J/mol的成分41个，结合能排名前30位活性成分对接结果见表1。