《表2 ApMKK复制基因对CDS相似性和蛋白相似性》

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《小拟南芥MKK基因家族全基因组鉴定及进化和表达分析》

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为揭示小拟南芥ApMKK和小拟南芥近缘物种MKK之间的进化关系，分别获取水稻（8个）、拟南芥（10个）、叶芽鼠耳芥（9个）、琴叶拟南芥（9个）和盐芥（10个）MKKs和小拟南芥的16个ApMKKs的氨基酸序列，构建系统发育树（图3）。根据进化树信息，MKK基因家族成员被分为5个亚家族，分别是Group A、Group B、Group C、Group D和Group E。对6个物种中MKK基因家族的各个亚族的基因个数进行统计，结果发现，小拟南芥MKK基因家族的成员数量明显多于其近缘物种和水稻，其中Group B和Group C的ApMKK基因数目是其他5种植物B、C亚族MKK基因的两倍（图4）。从进化关系来看（图3），小拟南芥中的大部分MKKs两两排布在一起，似乎小拟南芥MKK基因家族中存在一些复制关系。为了验证小拟南芥ApMKK基因家族中是否存在复制基因对，通过计算进化关系很近的两个ApMKKs的CDS相似性和蛋白相似性发现，CDS相似性大于90%的有7对基因，为此本研究鉴定到小拟南芥MKK基因家族有7对复制基因，分别是ApMKK1-1/1-2、ApMKK2-1/2-2、ApMKK3-1/3-2、ApMKK4-1/4-2、ApMKK5-1/5-2、ApMKK9-1/9-2和ApMKK10-1/10-2，具体信息见表2。而ApMKK6-1和ApMKK7-1没有旁系同源基因，即没有发生复制事件。出乎意料的是，小拟南芥中不存在AtMKK8的直系同源基因，可能在进化中发生了丢失。从近缘物种进化关系远近的角度来分析，盐芥与小拟南芥的亲缘关系最远，特别的是ApMKK3-1/3-2与近缘种MKK的关系较远。