《表3 用于构建系统进化树的NBS-LRR分类信息表》

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《微毛樱桃NBS-LRR类抗病基因同源序列的克隆及进化分析》

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利用MEGA 6.0将微毛樱桃36条NBS-LRR序列去除缺失突变的序列，不同亚族序列在线BLASTP，选择相似性在70%以上的来自不同物种的所有序列（144条）一起构建系统发育树。结果显示（图4、表3），与微毛樱桃non-TIR相似性70%以上的物种有7个，共40条序列，均来自于蔷薇科（Rosaceae），其中来自李属（Prunus L.）的有3个物种桃（P.persica）、果梅（P.mume）、欧洲甜樱桃（P.avium），分别各有3、2、2条序列，均与微毛樱桃non-TIR聚在同一个支系。同样在微毛樱桃群组的还有1条来自白梨（P.bretscheideri）和2条来自草莓（Fragaria×ananassa）的序列。来自苹果（M.domestica）、树莓（R.galaucus）、白梨和月季（R.chinnensis）的共30条序列在另外支系。TIR相似性70%以上的物种有12个，共104条序列，其中有93条来自蔷薇科，11条来自胡桃科（Juglandaceae）、豆科（Leguminosae）、葫芦科（Cucurbitaceae）、壳斗科（Fagaceae）的物种。其中，微毛樱桃所在支系所有物种均来自李属，包含17条桃、13条果梅、5条欧洲甜樱桃、1条甘肃李（P.kansuensis）共4个物种，桃与果梅的序列较多，这些桃、果梅序列与微毛樱桃的TIR序列相似性高于欧洲甜樱桃，说明微毛樱桃TIR基因在进化距离上与桃、果梅更近。结合系统发育树的结果（图4）分析，我们获得的微毛樱桃TIR家族同源序列中有蔷薇科和非蔷薇科植物，预示着他们可能由古老基因分化而成，其中一支在李属植物分化成樱桃、果梅、桃等植物过程中进行特异性复制。微毛樱桃non-TIR同源序列都来源于蔷薇科植物，序列数目较少，说明non-TIR家族可能较为年轻，而且发生扩增少。另外，部分微毛樱桃NBS-LRR亚族具有樱桃特异性复制，如家族ⅢPpRGA7序列所在亚支，以及家族ⅣPpRGA4等序列所在亚族可能是在李属分化之后才进行的大量扩增。