《表3 单体化合物与抑菌靶点分子对接的Docking score》

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《基于体外实验和分子对接研究枫杨果抑菌活性及分子机制》

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Systems Dock Web Site(http://systemsdock.unit.oist.jp/iddp/home/index）基于网络药理学预测和分析，应用高精度对接模拟和分子通路图的网络服务器，具有Dock-IN评分分子对接功能，用以评估蛋白质-配体潜在结合活力，结合自由能越小，配体与受体结合能力越强，因此Score值越大，两者结合越紧密。docking score大于4.25认为具有一定的结合活性；高于5.0表明分子与靶点具有较好的结合活性；高于7.0表明分子与靶点的结合模型具有强烈的稳定性及活性[11-13]。采用Systems Dock Web Site软件对上述3个化合物及4个抑菌核心的靶点按默认参数进行分子对接验证，获得对接打分Docking Score值，对接结果见表3。3个化合物Docking score均大于阳性小分子且对于PBP5(4K9I）、FabH(5BNS）、Ftsz(2VAM）蛋白靶点Docking score均大于7，其中对于PBP5(4K9I）蛋白靶点docking score最高。其中FabI(4ALM）、FabH(5BNS）、FtsZ(2VAM）与β-胡萝卜苷docking score最高，对接效果见图1。胡萝卜苷与与表明分子与靶点的结合模型具有强烈的稳定性及活性，与实验过程中枫杨果醇提物乙酸乙酯萃取部位对于金黄色葡萄糖球菌、大肠杆菌、枯草芽孢杆菌等有明显抑菌圈相吻合，为进一步阐述枫杨果抑菌药效物质提供理论参考。