《表1 人埃博拉病毒各蛋白编码序列的有效密码子数(ENC)》
有效密码子数(ENC)用于量化每个基因中密码子使用偏差,通过软件CodonW计算7种蛋白(GP、L、NP、VP24、VP30、VP35、VP40)的标准差和均值,结果表明(表1)埃博拉病毒的ENC均值分布范围在55.66~55.77之间,取值范围更接近61,说明每个氨基酸的密码子倾向于随机使用,密码子偏性较弱。同样,通过CodonW计算结果显示,人埃博拉病毒基因组平均总GC量为42.4%±0.4%,密码子第三位核苷酸的平均GC3量为40.2%±2.2%,以上分析提示人埃博拉病毒密码子第三位核苷酸偏爱使用AU结尾,此外总GC含量与AU含量相差不大,也提示该病毒的密码子无较强的偏好性。
图表编号 | XD00129507500 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2020.03.01 |
作者 | 魏雪玲、田明明、刘奇 |
绘制单位 | 云南省昆虫生物医药研发重点实验室(大理大学)、大理大学基础医学院病原生物学综合实验室、云南省昆虫生物医药研发重点实验室(大理大学)、大理大学基础医学院病原生物学综合实验室、云南省昆虫生物医药研发重点实验室(大理大学)、大理大学基础医学院病原生物学综合实验室 |
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