《表2 alpha多样性指数统计》

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《应用Illumina Miseq测序分析川西高原传统牦牛发酵酸奶中细菌多样性》

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如表2所示为不同牧民自制传统发酵牦牛酸奶中细菌菌群α-多样性分析。8个样品共产生88条不同的OTU，通过观测到的物种数（Sobs）、赵氏指数（Chao[26]）和物种丰富度指数（ACE）可知，样品LV、LAN中物种数目较多，而样品BY1、BY3和NMJ中物种数较少，样品WQ物种数虽然只要25种，但其ACE指数和Chao指数均较高，说明其菌群丰度较高。香农指数（Shannon[27]）和辛普森指数（Simpson[28]）通常用来表征物种多样性，其中Shannon是估计样品中微生物多样性，Shannon值越大，说明群落多样性越高；Simpson主要是以定量的方式表征某区域物种的多样性，其数值越大，就意味着该区域物种多样性越低[29]。据表2可知，样品GC的Shannon指数最高为1.21，Simpson指数最低为0.38，说明样品GC细菌群落多样性最高且分布均匀，而样品BY1中包含的物种丰富度程度最低。Coverage是反映群落覆盖度（Community coverage）的指数，其数值越高，则样本中序列没有被检测出的概率越低，表中Coverage均为1，说明97%的物种类型都能在样品库得到，再次说明测序深度基本覆盖了所有细菌。