《表3 雷州杂草稻的种子落粒性和相应SNP单倍型》

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《广东雷州杂草稻sh4和qSH1基因的功能SNP位点序列分析》

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注：SNP2为SNP(qSH1）下游147 bp处，SNP3为SNP(qSH1）下游151 bp处。

PCR产物经电泳、回收后送公司测序，得到500 bp左右的核苷酸碱基片段序列。将100份杂草稻和10份栽培稻的qSH1上游调控序列与日本晴的序列进行比对，结果发现，100份杂草稻和10份栽培稻的qSH1上游调控序列的SNP位点均为G（表3），与籼稻的基因型一致，为易落粒型，说明这100份杂草稻之间及其与对应栽培稻的落粒性差异与qSH1上游调控序列的SNP位点无关，这些杂草稻的极高落粒性可能不是qSH1基因的作用。另外，有15份杂草稻和3份栽培稻在此SNP位点下游147 bp处还有一个突变（G），而日本晴中为A，这15份中又有13份杂草稻在此SNP位点下游151 bp处还有另一个突变（T），而日本晴中为G。