《表3 候选基因单倍型分组及每种单倍型的SNP组成》

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《粳稻分蘖数全基因组关联分析及候选基因的挖掘》

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2018—2019年共检测到3个影响粳稻分蘖数的QTL，其中，2年中能够稳定表达的QTL——qTiller9位于已定位影响水稻分蘖数QTL（qNOT9-1）区间内。因此，对qTiller9区间内全部15个基因的外显子区非同义突变SNP和启动子区SNP进行单倍型分析。结果显示，共有6个基因（LOC＿Os09g25090、LOC＿Os09g25100、LOC＿Os09g25150、LOC＿Os09g25190、LOC＿Os09g25200和LOC＿Os09g25220）的不同单倍型分蘖数之间均检测到极显著差异水平（图3）。LOC＿Os09g25090被启动子区SNP分为2种单倍型，hap2(TAA）分蘖数极其显著大于hap1(AGG）；LOC＿Os09g25100被非同义突变SNP分为2种单倍型，hap2（GAGA）分蘖数极其显著大于hap1(AGCC）；LOC＿Os09g25150被非同义突变SNP分为2种单倍型，hap2（ATG）分蘖数极其显著大于hap1(GCC）；LOC＿Os09g25190被启动子区SNP分为2种单倍型，hap2（GCATCGCATCGACGCCGA）分蘖数极其显著大于hap1(ATGCTGATGAAGTCATCC）；LOC＿Os09g25200被非同义突变SNP分为2种单倍型，hap2（TAG）分蘖数极其显著大于hap1(AGA）；LOC＿Os09g25220被非同义突变SNP分为2种单倍型，hap1(GG）分蘖数极其显著大于hap2(AA）（表3和图3）。其中，LOC＿Os09g25090和LOC＿Os09g25100编码钙调蛋白依赖性蛋白激酶，它是脱落酸（ABA）表达所必需Ca2+的传感器。因此，推测LOC＿Os09g25090和LOC＿Os09g25100可能是影响水稻分蘖数的候选基因。