《表1 梯棱羊肚菌全基因组范围SNP/Indel特征信息》

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《梯棱羊肚菌全基因组SNP/Indel分析及基于Indel标记的遗传连锁图谱构建》

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梯棱羊肚菌M04的两个同核菌株M04M24和M04M26之间共计鉴定到17 104个SNP位点和1 334个Indel位点，平均每M碱基序列长度的位点变异数量为361个。2–10bp的插入缺失Indel标记1 147个，最大的插入缺失发生在Scaffold06染色体上547 436位置的117bp片段缺失。根据SNP/Indel的注释可知，大部分的SNP/Indel(73.4%）位于基因间隔区域，基因的上游和下游SNP/Indel发生数量基本相当，占比13.95%–14.02%，有9.14%位于内含子区域，这些变异位点对基因的功能影响可能不大；外显子区域总计检测到3 042个变异位点，占总数的16.50%，对基因功能产生确定影响的移码突变有1 088个，占5.90%，错义突变有916个，占比4.97%；另外有5.10%(940个）的同义突变（表1）。