《表2 BestKeeper软件分析看家基因的表达稳定性》

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《葡萄实时荧光定量PCR稳定内参基因的筛选和验证》


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本研究GeNorm软件配对变异值分析结果表明最适内参基因数目为3个,3个软件分析结果内参基因稳定性排名虽存在差异,但稳定性最好的前3个内参基因种类相同,均为GAPDH、UBQ-1和EF1α-1。这与已报道葡萄内参基因有所不同,目前已筛选出的葡萄最适内参基因组合包括:GAPDH+Actin+EF1-α+SAND、VvEF1-α+VvEF1r、EF1α+GAPDH、β-Actin+SAND以及18S-rRNA+GAPDH+Actin(Reid et al.,2006;代红军等,2016;查倩等,2016;周俊等,2016;许明等,2017)。在这些研究中,最适内参基因数目从2~4个不等,最适内参基因组合也各不相同,但GAPDH和EF1-α在多项研究中均被证明为较稳定的内参基因,本研究结果与之一致,3种软件分析GAPDH和EF1-α稳定性均位于前3位(表1;表2;图3)。而在已有研究中较为稳定的Actin基因(Reid et al.,2006;代红军等,2016),在本研究中稳定性较差,排在第10位,不建议作为葡萄内参基因(表1;图3)。这种差异一方面可能与材料类型相关,在已有研究中Actin基因多为在果实发育阶段表现稳定,本研究材料未包括果实,主要为叶片、枝条等营养生殖器官,因此Actin基因稳定性表现有所不同;另一方面,已有研究候选基因数目较少(4个或6个),因此Actin基因稳定性排名靠前,而本研究候选基因19个,因此筛选出了更多稳定性优于Actin的内参基因,如UBQ-1在本研究中稳定性排名为前3位,且与GAPDH和EF1-α在相关性强,因此最终确定GAPDH+UBQ-1+EF1α-1作为葡萄最适内参基因组合(表1;表2;图3)。