《表1 近几年全基因组关联分析在细菌中应用的文献》

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《全基因组关联分析在乳酸菌研究中的应用》

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GWAS是基因组分析的重要工具，并且近几年已经成功应用到细菌基因组分析上（表1）。早期的细菌基因组主要基于PCR技术或比较基因组杂交技术，通过与表型结合，以寻找基因组中特定基因的存在或缺失与表型的关系，然而因为成本和平台的限制，以及某些细菌自身的核苷酸多样性较低，如炭疽杆菌（Bacillus anthracis)[28]，使得其无法在细菌基因组中大规模应用。2013年Sheppard等[29]首次实现GWAS在细菌中的应用，将192株分离自牛和鸡肠道的弯曲杆菌（Campy鄄lobacter）的DNA序列划分成30 bp长的“word”来寻找菌株与特定宿主定殖能力方面的相关性，共检测到7 307个“word”与弯曲杆菌在牛肠道中的特异性定殖有关，注释到3个与维生素B5生物合成相关基因，因而认为弯曲杆菌自身能否合成维生素B5是其能否在牛肠道定殖的关键。之后Chewapreecha等[30]的研究首次使GWAS在细菌中的研究达到了人类遗传学研究的规模，他们总共分析了收集自缅甸和泰国边境的3 085株和收集自美国马萨诸塞州的616株肺炎链球菌（Strepto鄄coccus pneumoniae）用于检测β-内酰胺抗性相关的基因组变异。