《表1 最近十年计算机辅助的蛋白质局部与全局设计的部分案例》

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《蛋白质工程：从定向进化到计算设计》

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“Inside-out”设计策略针对的是酶的活性中心以及催化的反应类型，而酶的骨架结构仍采用自然界已有的蛋白质结构，若骨架结构也能从头设计，便能获得完全由人类设计而非自然进化形成的酶[69]。目前，主链骨架设计还更多依赖于基于“规则”的启发式方法，通用计算方法仍在发展之中。在此方面，刘海燕团队提出了建立氨基酸序列待定、只依赖于主链结构的统计能量模型的设计方法，他们已发表的TetraBASE（Tetrahedronbased backbone statistical energy）验证了这条途径原理上是可能的[70]。进一步，他们已发展了基于神经网络统计能量项的SCUBA（Sidechain unspecialized backbone arrangement）模型，能在序列待定情况下进行主链骨架的全柔性设计和连续采样，这类方法的发展将极大拓宽可选蛋白质骨架结构范围。