《表1 伯克霍尔德菌属菌株多相分类鉴定结果统计》

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《基于gyrB基因的伯克霍尔德菌属核酸测序鉴定与系统进化分析》

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选择伯克霍尔德菌属内6个“种”7株标准菌株，分别采用VITEK生化鉴定和Ribotyping核糖体分型方法，对收集的菌株进行多相分类鉴定，确认菌株遗传背景（表1），结果显示VITEK生化鉴定结果中，洋葱伯克霍尔德菌、污染伯克霍尔德菌、越南伯克霍尔德菌能够鉴定到“属”的水平，由于VITEK系统数据库的局限性，热带伯克霍尔德菌、乌拉姆伯克霍尔德菌、含羞草结瘤伯克霍尔德菌未获得明确的鉴定信息；Ribotyping核糖体分型鉴定结果中，不同菌株的核糖体分型图谱各不相同，可聚类为2个分支（图1），洋葱伯克霍尔德菌和越南伯克霍尔德菌聚类为1个支，污染伯克霍尔德菌、热带伯克霍尔德菌、乌拉姆伯克霍尔德菌、含羞草结瘤伯克霍尔德菌聚类为1个支，图谱鉴定结果显示洋葱伯克霍尔德菌可以鉴定到“种”的水平；热带伯克霍尔德菌、乌拉姆伯克霍尔德菌未获得明确的鉴定信息；其他菌株均指向洋葱伯克霍尔德菌（与菌种信息不一致），且鉴定图谱的相似度均小于0.80。对于多相分类鉴定结果不一致，或者无法确认菌株遗传背景的菌株，采用通用引物进行16S rRNA基因测序，将获得的序列与Genbank数据库进行比对，获得参比序列（Ref Seq），间接佐证菌株的遗传背景。