《表2 GEO数据库中Be Wo细胞合体化芯片数据集》

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《基于基因芯片整合分析筛选及验证BeWo细胞合体化相关调控因子》

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本研究从NCBI的GEO子库中共收集到了2组已公布的BeWo细胞合体化前后的基因芯片表达谱数据集，分别为GSE66840和GSE100095（表2）。首先对GSE矩阵数据进行注释及RMA标准化处理等得到高质量数据，并进一步进行主成分PCA分析，发现数据集GSE66840中BeWo细胞合体化前后数据Hclust聚类较好；数据集GSE100095中，cAMP通路下游效应因子PKA (protein kinase A，也称cAMP-dependent protein kinase）诱导BeWo合体化后的芯片数据与诱导前数据Hclust聚类较好，而另一cAMP效应因子EPAC (exchange factor directly activated by cAMP）诱导BeWo合体化后的芯片数据与诱导前区分度不够（图1）。因此，本研究选取GSE66840全部数据与GSE100095中PKA诱导前后的数据，共12个样本数据进行下一步分析。