《表1 Top20通路、生物过程及其分布》
注:Count———用户提供的基因列表中在当前本体术语中的基因数;百分比/%———用户提供的基因列表中在该术语中出现的基因数占该术语全部基因数的百分比;Log10(P)———以基数10为底的p值的对数;Log10(q)———以基数10为底的q值的对数,其中q为多次测试得到的校正后p值
使用MetaScape[18]对从OpenTargets获取的1396个基因进行富集分析。分别在KEGG通路(KEGG Pathway)、GO术语(GO Terms)、Reactome基因集(Reactome Gene Sets)、Canonical通路(Canonical Pathways)和CORUM 5个本体中对输入的基因集进行基因途径和生物过程的富集分析。将p value<0.01、Count≥3、富集分数>1.5作为纳入标准(富集分数是观察计数与偶然预期计数之间的比率),共得到包含上述5个方面的术语2 000个,其中Top20如表1及图1所示。
图表编号 | XD0097569700 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2019.06.01 |
作者 | 范馨月、邵春莹、崔雷 |
绘制单位 | 中国医科大学附属盛京医院、中国医科大学附属盛京医院、中国医科大学医学信息学院 |
更多格式 | 高清、无水印(增值服务) |