《表2 不同土壤样品中Alpha多样性指数》

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《基于MiSeq测序分析酸性农作物土壤细菌群落结构与多样性》

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根据97%的相似度，将有效序列聚类为用于物种分类的OTU.经统计，6种农作物土壤样品中总细菌共有4 008个OTU，而其中可培养细菌共有97个OTU，且平均测序读长分别为438和449 bp.土壤总细菌的Chao 1丰富度指数和Shannon-Wiener多样性指数均明显（P<0.05）高于可培养细菌（见表2）.由此表明，土壤中可培养细菌种类在土壤总细菌中的占比不足1%.此外，土壤总细菌的OTU数量、Chao 1丰富度指数和Shannon-Wiener多样性指数在这6种农作物土壤之间存在显著差异（P<0.05），表明6种农作物土壤中细菌的丰度和多样性存在差异，需要进一步探究决定这种差异的理化因子.对于6种农作物土壤中可培养细菌而言，驯化后OTU数量、Chao 1丰富度指数和Shannon-Wiener多样性指数之间差异不显著（P>0.05），表明外加的培养物极大地改变了细菌的群落结构，使彼此间差异不明显.此外，土壤总细菌和可培养细菌的Good's Coverage测序深度指数均高于99.6%，表明这些土壤样品中绝大部分的细菌被成功测序.