《表2 腐乳样品中真菌Alpha多样性指数》

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《基于高通量测序技术分析腐乳自然发酵过程微生物多样性》

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通过样本的多样性分析（Alpha多样性）可以反映微生物群落的丰度和多样性，Chao指数是用Chao1算法估计样本中所含OTU数目的指数，Chao指数和ACE指数可以用来代表菌群的丰度。辛普森（Simpson）指数与香农（Shannon）指数都是用来估算样本中微生物多样性的指数，Simpson指数值越大，说明群落多样性越低，Shannon指数值越大，说明群落多样性越高。Coverage是指各样本文库的覆盖率，其数值越高，则样本中序列被测出的概率越高，该指数反映测序结果是否代表了样本中微生物的真实情况。腐乳样品细菌Alpha多样性指数见表1，真菌Alpha多样性指数见表2。由表1及表2可知，所有样本的测序Coverage指数均>0.999，说明腐乳样品中序列基本都被测出，未被测到的概率较低，本次测序结果可以反映样品真实情况。由Chao指数和ACE指数可以看出无论是细菌还是真菌，在发酵的第三阶段菌群丰度是最高的，其中随着发酵时间的推移，细菌的菌群丰度变化不大，而真菌的菌群丰度有较明显的变化。由Simpson指数和Shannon指数可以看出，在发酵的第二阶段，细菌和真菌的群落多样性是最低的，而细菌群落多样性最高是在发酵的第一阶段，真菌群落多样性最高是在发酵的第三阶段。