《表2 系统发育分析中的重要问题》

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《古菌、生命树和真核细胞的功能演化》


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在利用草图基因组序列建树时,首要的是对基因组序列的质量(尤其是污染度和株系异质性)进行评估在宏基因组学普及以前,微生物基因组主要是通过纯培养获得的(表2).近年来,利用宏基因组鸟枪法和单细胞测序技术,已产生了大量的未培养的微生物基因组数据(Rinke等,2013;Tully等,2018).与纯培养获得的基因组相比,对这些组装基因组讨论最多的是:不完整性;存在嵌合现象;存在污染;同时还有基因组的异质性等问题.