《表2 各样品α多样性指数》

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《应用高通量测序技术分析大菱鲆幼鱼肠道及其养殖环境的微生物群落结构》

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使用软件Qiime计算各样本均一化处理后OTU数据的Goods coverages、Chao1和Simpson指数（表2），分别表征数据的测序深度、OTU丰富度和群落多样性。所有样品的Good’s coverages指数范围为0.93～1.00。基于Chao1指数绘制的稀释曲线如图2所示，随着抽样数的增加，各样品稀释曲线斜率均逐渐降低，后期曲线趋于平缓，Chao1指数基本与测序获得的OTU数目一致，说明在当前的测序深度下，得到的测序数据量可以代表样本中的细菌信息。Group＿Baits、Group＿Water和Group＿Fish的Simpson指数分别为0.83±0.094、0.95±0.035和0.82±0.12，利用SPSS 18.0软件对Simpson指数进行单因素方差分析（One-way ANOVA），显示Group＿Water的微生物多样性程度均显著高于Group＿Baits和Group＿Fish两组（P<0.05）。2.3.2生境间多样性（β-Diversity）分析微生物群落聚类分析根据样本相似性进行非加权组平均法（Unweighted pair group method with arithmetic mean，UPGMA）分析，采用Jackknifed重复抽样对UPGMA的可靠性进行检验（图3）。结果显示，75%～100%可信度认为水体组中的各样本单独聚为一支；50%～75%可信度认为饵料组中B2、B4和B5与发病幼鱼组中F15.1和F15.2聚为一支；75%～100%可信度认为饵料组中的B1、B3和B6、发病幼鱼组中F15.3与健康幼鱼组所有样品聚为一支。