《表4 影响肝硬化发生发展的关键基因列表》

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《病毒性肝炎肝硬化发病关键基因及相互作用的生物信息学研究》

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为了获知在病毒性肝炎肝硬化发生过程中发挥主要作用的基因，将共同上调和下调的差异基因进行蛋白之间的相互作用网络分析。分析得到的PPI网络图由175个节点（node）和302条边缘（edge）组成。进一步的富集分析表明，其主要集中在免疫反应活化性（P=10-18.5）、myeloid白细胞活化（P=10-18.0）、胞吐作用的调节（P=10-16.4）等生物过程。基于PPI网络分析的结果，运用MCODE算法对相互作用的网络进行模型的建立，寻找网络中的密集联结的蛋白质群，并对每个群的生物功能进行注释。共分析出4个群，由28个节点和70个边缘组成（图2）。对每个群分别进行了生物过程和路径富集分析，每个MOCDE中最显著相关的三个功能描述见表3；其所包含的基因为影响肝硬化发生发展过程的关键基因（表4）。每个群分别包含一个“种子”基因，4个MOCDE群的“种子”基因分别为HLA-DMA、MYL9、COL3A1和C1QA。