《表3 计数法鉴定的预测具有功能效应的罕见变异》

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《中国人群冠心病相关基因的精细定位研究》

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1:1KG数据库中亚洲人群最小等位基因频率；2:代表不同种类的细胞系；3:代表结合蛋白的数目；4:代表预测改变的Motif；5:Regulome DB分值范围1～6，分值越高表明影响转录因子结合的证据越少，1b表示很可能影响结合并与靶基因的表达相关联，2b表示很有可能影响结合；6:CADD评分，分值范

计数法分析发现15个CHD风险关联位点:（1）在病例/对照一方有纯合子，而另一方无纯合子的突变位点10个；（2）在病例/对照一方至少有3个杂合子，而在另一方不存在的突变位点5个。其中rs2075291已有研究发现与中国人群血浆TG水平升高显著相关[17]。系统功能注释发现WDR35rs139543775位点CADD评分>20，2个位点KLH-DC10 rs60941031、CTSH rs3129的Regulome DB预测评分为1～3（表3）。错义突变rs139543775导致WDR35基因第242位氨基酸谷氨酸突变为甘氨酸，CADD分析预测该错义突变很可能破坏蛋白质结构或功能，为人类基因组中前1%最有害的突变。此外，Regulome DB预测结果表明rs60941031很可能影响转录因子结合，从而影响蛋白质表达和功能，HaploReg注释结果显示，rs60941031是转录因子结合位点，可以引起转录因子结合模块（Motif）的改变，并且也与DNase超敏感位点（DHS）和增强子（H3K4Me1）组蛋白修饰区域重叠。rs3129预测很可能影响转录因子结合并与靶基因的表达相关联，同时该位点位于增强子的组蛋白修饰区域和DHS。