《Table 2 NMD-related factors in different organisms》

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《蓝氏贾第虫无义mRNA的降解》

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“+”indicates exist of NMD factors；“-”indicates absence of NMD factors

NMD途径作为一种质量监控机制，存在于几乎所有的真核生物中。将其他物种中参与NMD途径的相关因子在贾第虫基因组数据库中进行BLAST分析比对后，发现贾第虫中参与NMD途径的因子有eRF1、eRF3、UPF1、SMG1、XRN1、Ski7p和HRP1[14]。但还有一些因子，如UPF2、UPF3、DCP1、DCP2、SMG5/6/7等并未发现（Table 2）。在对UPF1的CH结构域进行分析时，发现大多真核生物基因组，包括酵母（Saccharomyces cerevisiae）及寄生性布氏锥虫（Trypanosoma brucei）、克氏锥虫（Trypanoma cruzi）和恶性疟原虫（Plasmodium falciparum）中，E182、Y184和204-VVV-206残基在UPF1中是完全保守的，并且在每个物种中都有与其相互作用的UPF2因子。而在蓝氏贾第虫和内溶组织阿米巴（Entamoeba histolytica）中，这些残基位点发生了突变（Fig.1）。同时，在其基因组中未鉴定到upf2基因，因此推测，蓝氏贾第虫的UPF1承担了NMD途径启动以及无义mRNA识别和降解因子的招募功能，无需UPF2和UPF3介导SURF复合体和外显子连接复合体的相互作用。