《表2 生物网络数据集Tab.2 Biological network datasets》

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《生物复杂网络motif发现的并行算法》

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实验同时使用了模拟数据和真实生物网络数据进行性能分析，其中模拟数据使用Network X[13]的Python包模拟了三类不同的网络模型，分别是无标度网络模型[14]、小世界网络模型[15]和规则网络模型[16]，每类网络模型随机地改变边数和节点数，产生具有不同平均节点度的网络，以探讨在不同的平均节点度下并行ESU算法的性能。实验中使用固定的4 000个节点，同时变化边的条数，分别为20000、40000和60000条边，来产生不同的节点平均度，分别是5、10和15，每种平均节点度模型均生成10个网络；真实生物网络则选取了酵母菌代谢网络、酵母菌蛋白质网络和人类蛋白质网络三个生物网络数据集，其节点数和边数如表2所示，其中:酵母菌的蛋白质网络和代谢网络数据集来源于Uri Alon实验室[2]，人类蛋白质网络数据来源于STRING（Search Tool for Recurring Instances of Neighbouring Genes）在线数据库[17]。