《表2 MA手性分子其他物理化学参数》

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《R/S型甲基苯丙胺药理活性差异的分子对接比较》

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手性药物小分子MA的结构采用Chemdraw 8.0进行建构与优化得到2D结构，再导入Chem Bio3D软件得到3D结构，然后使用Gauss View 5.0.9软件在B3LYP/-31G水平上进行结构优化。随后导入Auto Dock Tools1.5.6软件进行对接准备；突触前膜经多巴胺转运体（DA transporter，DAT)DAT酶的x线晶体结构是从蛋白质数据库（PDB）中提取的，删除PDB文件中所有的结晶水和配体分子。在对接之前我们需要将极性氢原子加上，与此同时科尔曼全原子电荷也要添加到酶的部分原子上，在进行对接时，需对酶进行刚性处理，而药物分子的键要设置为可自由旋转，以便进行半刚性对接。我们对每个体系都进行100次的对接，采用拉玛克遗传算法（LGA），最大能量评估为25 000 000。对于对接的结果处理，我们是根据均方根偏离标准RMS=2.0?进行归类成簇，因为软件可以给出小分子与蛋白的结合自由能值；运用Gauss View 5.0.9软件，分别选中两个原子进行键长计算，选中3个原子进行键角计算，S型甲基苯丙胺的键长键角计算结果见表1。由表1中数据可知，MA分子最长键长为碳碳单键1.42，最短键长为氧氢单键0.96?。最大键角为120.18，最小键角为109.86°。R-MA药物分子的骨架结构与其他性质完全相同（见表2）。多巴胺转运蛋白（DAT）是一种完整的膜蛋白，可从突触间隙中去除多巴胺并将其沉积到周围细胞中，从而终止神经递质的信号。它是由604个氨基酸残基构成，它含17个氨基残基的信号肽。它的C端有一个特异的18个氨基酸片段，能够使得其与膜结合(图2）。