《表4 甘蓝型油菜亲本花色定位区间内基因可变剪切类型》

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《GBS高密度遗传连锁图谱定位甘蓝型油菜粉色花性状》

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IR:内含子保留；ES:外显子跳跃；A3SS:3'端可变剪接；A5SS:5'端可变剪接。

利用hisat2软件处理亲本77粉色花瓣和亲本62黄色花瓣转录组测序数据，整理成sam文件，使用Splice Grapher分析流程，统计两亲本花色定位区间内基因转录本的剪切情况（表4）。在A07染色体花色定位区间内共有287个基因，亲本77和62发生可变剪切的基因数都为26个，亲本77比亲本62内含子保留、外显子跳跃、3?端可变剪接都多1个，5?端可变剪接少2个；在C03染色体花色定位区间内共有308个基因，亲本77有14个基因发生可变剪切，而亲本62有11个基因可变剪切。亲本77内含子保留出现10次，3?端可变剪接出现5次，5?端可变剪接仅出现1次。亲本62共有11个基因发生可变剪切，其中内含子保留出现8次，3?端可变剪接出现5次，5?端可变剪接出现2次；这些结果显示花色定位区间内的基因转录本在2个亲本花瓣中多数为正常剪切，基因转录本可变剪切所占的比例约为10%～20%，多种可变剪切类型并存。