《表2 噬菌体ΦSHDA-1基因组框架图信息》

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《沙门氏菌噬菌体ΦSHDA-1生物学特性及基因组学初步研究》

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序列组装完成后共得到6个重叠群，长度分别为：22 458、7 543、7 224、1 430、1 086、782 bp，共40 523 bp，见表2。G+C含量为51%，编码59个CDS，其中未发现t RNA和r RNA。将噬菌体ΦSHDA-1的序列在NCBI中对比，其与噬菌体Salmonella phage v B＿Sen S＿SE1（登录号为MK479295.1）相似度最高，覆盖率为97%，以Salmonella phage v B＿Sen S＿SE1噬菌体基因组序列为参考，对噬菌体ΦSHDA-1的6个重叠群进行排序，并使用CGview server对其绘制基因组圈图，见图8。为了进一步了解ΦSHDA-1与其他噬菌体的进化关系，选取具有进化意义且保守的噬菌体DNA聚合酶氨基酸序列构建系统进化树[17]。通过blastp比对，找到同源性高的噬菌体，在此基础之上，利用进化树软件MEGA-X进行进化分析，采用最大似然法（Maximum likelihood，ML）构建的进化树，见图9。由图9可知，ΦSHDA-1与Salmonella phage v B＿Sen S＿SE1（登录号为MK479295.1）亲缘关系相对较近。通过blastp比对结果可知，噬菌体基因编码的保守序列具有已知的相关功能，其中包括裂解酶、终止酶、尾部相关蛋白质等，但未发现穿孔素。通过对开放阅读框与CARD以及VFDB进行分析，未发现携带耐药基因和毒力基因。