《表7 肠道菌群分析基准测试数据集》

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《基于机器学习的肠道菌群数据建模与分析研究综述》

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相较于单一的16S r RNA基因序列数据，宏基因组数据包括了群落中菌群的全部遗传信息，无疑能更好地表征环境微生物样本。分析宏基因组数据既可以获得微生物群落的组成信息，包括物种的组成和丰度等，又能获得较全面的功能信息。例如，微生物蛋白质编码基因、生物代谢反应中关键酶的表达，甚至更详尽的代谢反应网络。较高质量的宏基因组数据还可以从中提取出特定的核酸序列，如有算法提出可以从宏基因组数据中提取出16S r RNA基因序列数据，并能较好地避免扩增偏差[61]（表7）。