《表1 20份鼠类粪便样本的肠道菌群测序数据结果》

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《海南岛中部山区鼠类肠道菌群多样性研究》

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采用Illumina二代测序平台对16S r DNA序列V3-V4区进行双端测序，利用QIIME等软件进行细菌群落结构及多样性分析。共得到原始数据1 684 831条序列，单个样本序列范围为63 877～89 686，经过各步质控后，共得到1 569 543条有效序列，单个样本序列范围为60 785～82 606，平均每个样本78 477条序列，序列平均长度为434 bp。对样本进行聚类分析，在97%的阈值聚类下，平均每个样本产生937个OTUs（样本范围为540～1 274）。丰富度指数：Ace指数平均值为990.58，范围为662.52～1 313.97；Chao1指数平均值为994.78，范围为617.58～1 330.85。Shannon指数平均值为6.64，范围为3.70～8.05；Simpson指数平均值为0.96，范围为0.84～0.99，每个样本的具体参数见表1。对97%相似度的OTU采用mothur做稀释曲线，当测序数量超过49 600时，各样本曲线逐渐趋于平缓，同时Shannon曲线也趋于平坦。