《表3 矮扁桃叶绿体全基因组SSR预测》

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《孑遗濒危植物矮扁桃叶绿体全基因组特征分析及亲缘关系鉴定》

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注:p．单个SSR类型；p1/p2/p3/p4/p5/p6中数字分别表示构成基序的碱基个数；c．复合SSR类型；*为位于内含子区

微卫星DNA（Microsatellite DNA）又称简单重复序列（SSR），基本重复单位只有1～6 bp，存在于真核生物的细胞核、线粒体和叶绿体基因组中，在个体之间具有良好的通用性，被广泛地应用于物种鉴定及群体和个体之间的遗传差异分析。通过所设置参数，在矮扁桃叶绿体全基因组中共鉴定出71个SSR位点，其中单核苷酸重复数目为56，二核苷酸重复数目为3，无三核苷酸重复，四核苷酸重复数目为6，五核苷酸重复数目为2，没有六核苷酸重复，但有4个复合SSR位点（见表3）。在矮扁桃叶绿体全基因组的简单重复序列中有91.07%为AT类型，而CG类型仅有5个，且有66.20%的SSR位点位于IGS区，18.30%在内含子区，15.49%位于CDs中。