《表2 柴胡序列相关信息：基于ITS2条形码鉴定藏柴胡及其易混品》

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《基于ITS2条形码鉴定藏柴胡及其易混品》

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应用Codon Code Aligner软件对测序峰图进行校对拼接，基于隐马尔可夫模型的HMMer注释方法[36]，手动查找并去除两端5.8 S和28 S区段（图1），获得ITS2间隔区序列。登陆Gen Bank的Nucleotide数据库（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore）下载相关柴胡序列（下载信息见表2）。利用MEGA（molecular evolutionary genetics analysis）6.0进行序列比对，计算GC含量及种内、种间K2P(Kimura 2-parameter）遗传距离，采用邻接法（neighbour-joining，NJ）构建系统聚类树，同时以bootstrap（自展支持率1 000次）重复检验各分支的支持率。根据Koetschan等[37-38]建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2的二级结构。