《表2 SNPs分布区间及数目》

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《γ射线辐射诱导水稻突变体的基因组变异分析》

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采用SAMTOOLS软件进行个体SNPs的检测。黄华占（WT＿HHZ）和湘辐1821(MT＿HHZ）分别得到758 215和799 434个SNPs，基因间隔区分布的SNPs最多，多达481 765和508 409个。其次为内含子区域有69 806和72 355个，基因上游1 kb区域有64 274和68 140个。外显子则只有47 603和50 561个，以非同义突变为主要类型。湘辐1821的SNPs总数较黄华占多了41 219个，且不同分布区域的SNPs数值都高于黄华占。湘辐1821的SNPs的杂合率为0.236%，比黄华占高了0.021%。根据碱基替换不同，SNPs分为转换（transitions，Ts）和颠换（transversions，Tv）。湘辐1821转换与颠换的比率为2.546，黄华占的转换与颠换的比率为2.542，二者基本持平（表2）。这2种基因型的SNPs变异基本以转换为主要类型。转换即是G/A和C/T的2种变异，颠换则有A/C、C/G、G/T和T/A 4种变异类型。在黄华占中，转换变异达到544 204个，颠换只有214 011个，湘辐1821中类似，转换达到574 019个，颠换则只有225 415个，二者都以转换为主要类型（图1）。