《表7 六聚体内相邻蛋白亚基的结合能》

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《HBc-VLP的分子动力学模拟和结合自由能计算》

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六聚体内相邻蛋白亚基间的结合自由能见表7。六聚体内相邻亚基间的平均结合自由能为-221.2 k J/mol，比五聚体更稳定。结合能分量（35）Gvdw=-577.3 k J/mol，表明（35）Gvdw是维持六聚体稳定的关键因素，（35）Gelec和（35）GPB分别为103.4和306.8 k J/mol，且从绝对值看，二者之和占（35）Gvdw和（35）Gnp之和的65.0%，对亚基间的亲和作用不利。为验证复合物中形态一致的两个六聚体的自由能是否一致，计算了复合物中的另外一个六聚体结构，其亚基间的平均结合自由能为-213.6 k J/mol，六聚体总结合自由能为-1281.8 k J/mol，两个六聚体间的总自由能差异仅为3.4%。该数据表明，HBc-VLPs中处于不同位置处的五聚体或六聚体，其结合自由能基本相同。当蛋白介电常数取经验值6.0（表4），则（35）Gelec和（35）GPB分别提高了93.0和77.2 k J/mol，蛋白亚基间的平均结合自由能仅占表7中计算结果的23.1%，该结果比HBc-VLP中的二聚体和五聚体相应差异更显著。由此可知，忽略不同亚基复合物中蛋白分子所处的局部环境，即忽略蛋白分子上静电分布及其动态结构对介电常数的影响，采用经验介电常数计算亚基间的结合能不准确。