《表2 测序结果中的SNV和Indel数据统计》

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《恶臭假单胞菌的正丁醇耐受性驯化及比较基因组学分析》

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注：WTn-butanol代表WT经正丁醇驯化后的样本

为探究突变株与野生型菌株之间的差异，利用第二代测序技术，构建插入片段长度为350 bp的文库，采用测序平台Illumina Hi Seq对文库进行测序，根据参考基因组比对结果进行注释，得到表2中的数据。结果显示3个测序样本之间WTn-butanol的PF数据（pass filtering data）和干净数据（Clean data）与其他两个样本的数据量差异较大，因为干净数据是在PF数据基础上进一步删除质量不好的reads后得到的数据，这说明测序过程中WTn-butanol样本测序所得到的质量不好的reads数较少，因此其干净数据与其他两者相差较大。而所有样品的SNV和Indels数相差在15～50个之间，这表明相对于参考基因组来说，3个样品各自都有特异的突变，同时还可能有共同的突变。