《表1 马尾松转录组最优密码子分析(1)》

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《马尾松转录组密码子使用偏好性及其影响因素》

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（1）*表示最优密码子。RSCU表示同义密码子相对使用度，ΔRSCU表示高表达基因RSCU与低表达基因RSCU的差值。

以ENc值作为衡量依据排序，前后各10%的CDS序列作为马尾松高低表达基因样本进行RSCU值计算和分析，如果密码子的使用没有偏好性，则该密码子的RSCU值应当等于1，当某一密码子的RSCU值大于1或小于1时，表示该密码子为使用相对较多或较少的密码子（李慧娟等，2017）。结果如表1所示，转录组高低表达基因样本之间的ΔRSCU值差异较小（-0.48～0.62），表明马尾松密码子偏好性较弱。通过比较RSCU和ΔRSCU值，除去终止密码子确定了TTA、CAA、TGT、GGT等27个马尾松最优密码子（表1）。这27个最优密码子中有25个第3位均为A/T，仅有2个密码子TTG与AGG第3位为G，没有以C结尾的最优密码子，这与其所有密码子第3位GC含量小于AT含量的整体情况十分一致。