《表1 候选miRNAs前体以及相似序列前体的特征分析》

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《盐胁迫蜜环菌Real-time PCR内参microRNA的筛选》

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注：LP.前体长度；（G+C）%.前体的G+C碱基含量；MFE.最小折叠自由能；MFEIs.最小折叠自由能指数。

miRNA与miRNA*来自于同一条前体的两条臂，仅仅是表达量有所差异。因此，候选的11条miRNA来自于9条前体。为了区分miRNA与其他的小分子RNA(tRNA，siRNA，rRNA），对其进行特征分析。蜜环菌的候选miRNA前体变化很大，在42～290 nt，与小麦miRNA前体（49～252 nt）类似。早先有报道，miRNA前体G+C含量低于A+U使其更加稳定。9条候选miRNA前体G+C含量低于A+U含量，平均值48.07%。另外一个重要特征为MEFI，其计算公式为MEFI=(100×MEF/LP）/（G+C）%先前报道的miRNA前体的MEFI的平均值应在1.0左右，候选miRNA前体除了novel＿16剩余都符合此条件。RNAfold对9条miRNA前体及其同源序列进行二级结构预测。候选miRNA都具有典型的茎-环结构，且成熟的miRNA位于其前体的5′或是3′端。虽然候选miRNA前体与其同源序列相似度不高，但是其二级结构类似且novel＿1，novel＿2，novel＿37其同源序列都属于miR166家族。有趣的是，novel＿16的MFEI值不高可能与其二级结构侧臂过多有关。由此可以推测候选miRNA可能具有其他未知功能。见图1，表1。