《表2 台湾金线莲和福建金线莲密码子使用频率》

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《两种金线莲全长转录本的构建及密码子使用偏好性分析》

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注:*:高频密码子

对台湾金线莲和福建金线莲RNA-seq分别拼接注释过滤后，使用自编程序进行密码子识别，得到6条可能的氨基酸序列中的1条氨基酸序列在Swiss-Prot数据库中比对得分远高于其他5条序列。分别获得台湾金线莲和福建金线莲1 497 038个和2 977 669个密码子。基于此，本研究统计了台湾金线莲和福建金线莲密码子使用频率（表2）。结果显示，相对密码子的使用频率（RSCU）值大于1.5或相对频率占60%以上的高频密码子（*表示高频密码子），在台湾金线莲中有：GAU、UGC；在福建金线莲中有：AGA、AAU、GAU、CAU、UCU、UAU。偏好的密码子中，87.5%均以A/T碱基结尾。