《表3 芸薹属A基因组和C基因组PHYB的亚基因组定位和共线性关系》

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《芸薹属植物PHYB基因的鉴定与比较分析》

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本研究中从芸薹属植物白菜、甘蓝、甘蓝型油菜、芥菜以及黑芥基因组中鉴定了9个PHYB基因。芸薹属A基因组和B基因组中均只有一个PHYB基因，如白菜（AA）的BrPHYB、黑芥（BB）的BniPHYB、甘蓝型油菜（AACC）A基因组的BnAPHYB1以及芥菜（AABB）A基因组的BjAPHYB和B基因组的BjBPHYB。而芸薹属C基因组中有2个PHYB基因，如甘蓝（CC）的BoPHYB1和BoPHYB2和甘蓝型油菜（AACC）C基因组的BnCPHYB1和BnCPHYB2中各有2个PHYB基因，其中定位于MF2亚基因组上的BoPHYB2和BnCPHYB2显示了一些片段的丢失（图1）。尽管芸薹属A基因组只有一个PHYB基因，但白菜的Bra001650的序列、甘蓝型油菜GSBRNA2-T00137504001的序列与PHYB基因部分序列高度类似，且两者均定位于MF2亚基因组，两者与BoPHYB2和BnCPHYB2互为共线性关系（表3）。芸薹属祖先进化中经历的基因组三倍化过程导致芸薹属植物中包含LF、MF1和MF2 3个亚基因组，这3个亚基因组显示了不同的基因丢失水平（Wang et al.，2011；Cheng et al.，2012）。推测定位于芸薹属A基因组的MF2亚基因组上的原PHYB基因经过大量的片段丢失之后形成了Bra001650和GSBRNA2T00137504001 2个新基因。而芸薹属C基因组MF2亚基因组上的BoPHYB2和BnCPHYB2仅丢失少量片段。