《表3 非编码RNA及其功能特征》

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《植物响应低温胁迫转录组测序研究进展》


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非编码RNA(Non-coding RNA)指不编码蛋白质的RNA,包括表达量相对较高的snRNA、microR NA、snoRNA以及长链非编码RNA(Long Non-coding RNA)。其中microRNA(miRNA)是一种典型的小型非编码基因指导转录后基因调控的RNA(表3)。miRNA已被证明在生长发育,激素反应和应激适应等各种生物过程中发挥关键作用。目前一些与植物低温胁迫相关的miRNA如miR319、miR167、miR156、miR169等功能已经被研究和验证,植物对低温胁迫反应的调控机制也得到深刻解析(Thiebaut et al.,2012;Na et al.,2013;郭鹏等,2014;Cui et al.,2015)。在油菜敏感和抗性材料中,共鉴定到269个保守miRNA和84个新的miRNA,其中miR156,miR166,miR396和miR845在低温下呈现了不同的表达模式,相关研究表明,其靶基因如SPL、PAT14、TCP4、ATHB15等与植物非生物胁迫响应密切相关(Zeng et al.,2018)。Yang等(2017)在不同胁迫时间段的刺茄中鉴定到306个保守miRNA和353个新的miRAN,并通过qRT-PCR和关联分析鉴定到9个差异表达的miR NA和12个mRNA。还对许多miRNA的靶基因进行了表征,结果表明,靶基因参与了抗应激蛋白,抗氧化酶等多种功能的表达。在小麦幼穗中,共鉴定到105个家族的192个保守miRNA和9个新的miRNA,其中34个保守miRNA和5个新的miRNA在胁迫和对照中差异表达,以往研究表明,近一半的miRNA与生物或非生物胁迫相关。通过降解组测序对靶基因进行预测和检验,GO富集分析显示,差异表达miRNA的靶基因富集于响应刺激,调节转录和离子转运功能(Song et al.,2017)。对野芭蕉研究中,检测到58个低温胁迫响应的miRNA其对应的靶基因393个,GO分析到主要三大类,细胞和代谢过程,细胞和细胞器部分和结合和催化活性(Wang et al.,2017)。